La Implementación de Referencia del primer proyecto de IMPaCT-Data es una guía técnica que detalla los componentes, la documentación y los procesos necesarios para desplegar un nodo de la infraestructura de análisis de datos de IMPaCT-Data a nivel local, según los estándares y buenas prácticas del programa. Su objetivo es permitir la integración e interoperabilidad de datos clínicos, genéticos y moleculares para la investigación en medicina de precisión, siguiendo las directrices establecidas por el proyecto.
En las secciones de esta Implementación de Referencia podéis encontrar tanto documentos (como las recomendaciones sobre datos y software) y demostradores generales como secciones específicas para cada uno de los componentes de esta primera iteración de la infraestructura. Cada una de estas secciones incluye una breve explicación de cada componente, la documentación técnica necesaria para instalar y ejecutar el componente y los enlaces necesarios para acceder a cada uno de ellos.
Los Componentes Centrales son los necesarios para configurar un nodo central que albergue los servicios únicos centralizados de la federación, mientras que los Componentes Locales son los que necesita instalar un socio de forma local para tener acceso a las diferentes herramientas y a la propia red de datos federada.
Finalmente, la sección de Evaluación contiene la explicación y enlaces de los procesos de evaluación de los componentes.
Prueba de los componentes de autenticación y análisis incluyendo:
En esta primera demostración, se muestra la funcionalidad de acceso de usuarios federado y ejecución de trabajos mediante el uso de recursos computacionales compartidos. En el vídeo se muestra la conexión de un usuario al nodo central de la infraestructura mediante las credenciales de uno de los nodos que forman parte, siendo posible así su autenticación y acceso a la plataforma Galaxy. Acto seguido, el usuario utiliza una herramienta con los datos que tiene en su nube personal. El vídeo muestra como la ejecución de esa herramienta se realiza de forma distribuida en varios de los nodos de computación de la nube federada de IMPaCT-Data gracias a la red Pulsar. Finalmente, el usuario visualiza y tiene a su disposición los resultados en formato HTML y en crudo, así como metadatos, parámetros de entrada y salida de cada una de las ejecuciones realizadas.
Prueba de los componentes que dan acceso a datos:
En esta demostración, la nube de computación para datos biomédicos dispone de un proceso para el acceso de usuarios, incluyendo la vinculación a cuentas institucionales, y el uso de pasaportes y visados para controlar el acceso a datos protegidos. En el vídeo se muestra como un usuario se conecta a una herremienta alojada en uno de los nodos que forma parte de la infraestructura federada. Inicialmente este usuario no tiene acceso a ningún conjunto de datos. Una vez que el administrador del nodo genera el visado correspondiente, el usuario tiene acceso al conjunto de datos que determina ese visado y a ningún otro. En el video también se muestra como un usuario diferente, al entrar en la misma herramienta tiene acceso a un conjunto de datos diferente. Esto es debido a que este segundo usuario dispone de permiso de acceso a otros datos.