IMPaCT-Data 2 organiza varios talleres de formación. Los talleres serán online y se llevarán a cabo semanalmente entre el lunes 28 de septiembre y el miércoles 28 de octubre. Los talleres serán eminentemente prácticos y se espera una participación activa de los asistentes.

Los 5 talleres serán:

• 28 de septiembre: Contenerización de software y workflow managers.
• 05 de octubre: Buenas prácticas: Plan de Gestión de Datos (DMP) y Plan de Gestión de Software (SMP)
• 14 de octubre: EGA, registro de datos genómicos.
• 21 de octubre: Despliegue de Beacons e integración en la Beacon Network.
• 28 de octubre: Estandarización y normalización de datos clínicos en OMOP.
  
  

El registro a los talleres es a traves de este enlace. Formulario de registro

Enviaremos la convocatoria con los detalles de conexión 1 semana antes de cada taller usando las direcciones de correo electrónico facilitadas en este formulario de inscripción.

Taller #1 | Contenerización de software y workflow managers

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• Ponentes: Jose Maria Fernández y Paula Iborra
• Fecha: 28/09 de 10:00 a 13:00 h
• Duración: 3h
• Formato: Online, la convocatoria con los detalles de conexión se enviará 1 semana antes de cada taller usando las direcciones de correo electrónico facilitadas en el formulario de inscripción.

Este taller introduce los conceptos fundamentales de la contenerización de software y su aplicación en bioinformática para mejorar la portabilidad y reproducibilidad de las herramientas, así como una introducción a los sistemas de gestión y ejecución de workflows. Los participantes aprenderán de forma práctica los conceptos básicos para la creación de un contenedor para una herramienta bioinformática y conocerán cómo integrar contenedores en un workflow mediante un ejemplo práctico en Nextflow.

Objetivos: Al final de la sesión:

• Comprenderás los principios de la contenerización de software, sus ventajas y limitaciones.
• Crearás un contenedor para una herramienta bioinformática y ejecutar dicha herramienta en una instancia de dicho contenedor.
• Entenderás el papel de los workflow managers en la automatización de análisis.
• Ejecutarás y modificarás un workflow sencillo basado en contenedores.
• Conocerás las buenas prácticas para la creación y distribución de contenedores y workflows.

Pre-requisitos:  Para poder seguir adecuadamente el taller necesitarás seguir los siguientes pasos y/o instalar el siguiente software:

• El taller se realizará en un entorno Linux.

• Conocimientos básicos de Linux y uso de la línea de comandos.
• Conocimientos básicos de bioinformática (manejo de herramientas y ficheros).
• Se recomienda disponer de un editor de texto o entorno de desarrollo para editar los archivos del ejercicio práctico.### {#taller-2}
• Tener instalado Docker > v29.0.0 en el equipo antes del taller (las instrucciones genéricas de instalación están disponibles en Docker Engine).
• Tener instalado Nextflow > v24.0.0 en el equipo antes del taller (las instrucciones genéricas de instalación están disponibles en Nextflow).
• Se enviará un vídeo una semana antes explicando las instalaciones.

Taller #2 | Plan de Gestión de Datos (DMP) y Plan de Gestión de Software (SMP)

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• Ponentes: Eva Martin, Aida Moure, Laura Portell y Carles Hernández
• Fecha: 05/10 de 10:00 a 13:00 h
• Duración: 3h
• Formato: Online, la convocatoria con los detalles de conexión se enviará 1 semana antes de cada taller usando las direcciones de correo electrónico facilitadas en el formulario de inscripción.

La gestión adecuada de los datos y del software de investigación es clave para garantizar la calidad, reproducibilidad y reutilización de los resultados científicos. En este taller práctico, los participantes aprenderán a elaborar, actualizar y mantener Planes de Gestión de Datos (DMP) y Planes de Gestión del Software (SMP) utilizando las herramientas de ELIXIR Data Management Wizard y Software Management Wizard. Además, se introducirán las buenas prácticas para el registro y la descripción estandarizada de herramientas de software en bio.tools, el registro de referencia de ELIXIR para software y recursos bioinformáticos, mejorando su visibilidad, descubrimiento, interoperabilidad y reutilización.

Este taller está dirigido a personal investigador, personal de apoyo a la investigación (data stewards, research software engineers y gestores de datos) y cualquier persona interesada en la gestión de datos y software de investigación.

Objetivos: Al final de la sesión:

• Interpretarás la estructura y el contenido de un Plan de Gestión de datos (DMP) y Plan de Gestión del Software (SMP).
• Comprenderás el ciclo de vida de datos reflejado en un DMP.
• Comprenderás el ciclo de vida del software reflejado en un SMP.
• Aprenderás a crear/mejorar un DMP y un SMPs con la herramienta SMWizard.
• Actualizarás y mantendrás un DMP/SMP a lo largo del ciclo de vida de los datos/software.
• Aprenderás sobre el uso de bio.tools y como registrar herramientas.

Pre-requisitos:  Para poder seguir adecuadamente el taller, necesitarás traer material de trabajo. Para los planes de gestión de datos/software puedes traer lo que prefieras trabajar - un DMP, un SMP o ambos:

• Planes de Gestión de Datos: traer un proyecto para completar un Data Management Plan
• Planes de Gestión del Software: traer un proyecto para completar un Software Management Plan
• Nota: para las prácticas de DMP y SMP no es necesario que el proyecto esté finalizado (puede ser un proyecto incipiente o en curso).
• Registros: Traer la lista de herramientas que se quieran registrar en el catálogo de IMPaCT.

Taller #3 | EGA, registro de datos genómicos

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• Ponentes: Gemma Vicente, Andrea Mero y Àlex Bedmar
• Fecha: 14/10 de 10:00 a 12:00 h
• Duración: 2 h
• Formato: Online, la convocatoria con los detalles de conexión se enviará 1 semana antes de cada taller usando las direcciones de correo electrónico facilitadas en el formulario de inscripción.

En este taller se presentará el proceso completo para registrar y enviar datos genómicos humanos al European Genome-phenome Archive (EGA), el repositorio europeo para el archivado seguro y la distribución controlada de datos genómicos y fenotípicos humanos.

La primera parte de la sesión ofrecerá una visión general de todo el ciclo de una submission, desde la preparación de los datos y metadatos hasta la validación, el archivado y la publicación del dataset en EGA. También se revisarán los requisitos previos, las buenas prácticas y los errores más frecuentes durante el proceso.

La segunda parte consistirá en una sesión práctica (hands-on), en la que los participantes que dispongan de toda la información necesaria podrán iniciar una submission real con el apoyo del equipo de EGA.

Durante el taller utilizaremos las herramientas oficiales de EGA, incluyendo el EGA Submitter Portal, el DAC Portal y, cuando sea aplicable, el Submission API, además de la documentación oficial de EGA.

Asimismo, se presentarán las recomendaciones específicas para las submissions del proyecto IMPaCT, incluyendo las instrucciones necesarias para que los datasets puedan incorporarse posteriormente al catálogo de IMPaCT.

Esta plataforma proporciona una infraestructura segura para el almacenamiento, validación, archivado y distribución controlada de datos genómicos humanos, garantizando el cumplimiento de los requisitos éticos, legales y de protección de datos aplicables.

A quién va dirigido

Este taller está dirigido principalmente a personal técnico o investigadores familiarizados con datos genómicos que participen directamente en la preparación y envío de datos a EGA. Aunque otras personas pueden estar involucradas en diferentes etapas del proceso, como la gestión del Data Access Committee (DAC) o la Policy, el taller se centrará principalmente en el proceso de submission y está orientado a las personas responsables de preparar y enviar los datos.

Objetivos: Al finalizar esta sesión: 

• Entenderás el flujo completo de una submission en EGA.
  • Identificarás los datos y metadatos necesarios antes de iniciar una submission.
  • Prepararás correctamente una submission siguiendo las recomendaciones de EGA.
  • Utilizarás el EGA Submitter Portal para iniciar una submission.
• Gestionarás los elementos básicos del proceso de acceso mediante el Data Access Committee (DAC) y utilizar el DAC Portal para gestionar el acceso a los datasets. 
• Interpretarás el proceso de validación y resolución de incidencias durante la ingestión de datos.
• Aplicarás las recomendaciones específicas para las submissions del proyecto IMPaCT.
• Iniciarás una submission en EGA y conocerás los pasos necesarios hasta su validación y publicación (el tiempo del taller no permitirá completar una submission completa). 

Pre-requisitos:  Para poder seguir adecuadamente el taller, necesitarás seguir los siguientes pasos y/o instalar el siguiente software:

• Revisar previamente la documentación oficial de EGA para familiarizarse con el proceso de submission:
  • EGA Archive
  • EGA File preparation
• Para obtener una cuenta de Submitter en EGA será necesario completar el proceso de solicitud correspondiente y firmar un Data Processing Agreement (DPA). El DPA debe ser firmado por un representante legal autorizado de la institución y se requiere una única vez por submitter, siendo válido para futuras submissions. Durante el taller se explicarán estos requisitos y los pasos necesarios para solicitar una cuenta.
• Para participar en la parte práctica del taller, se recomienda disponer, en la medida de lo posible, de:
  • una cuenta de Submitter en EGA (si ya está disponible);
  • un Data Access Committee (DAC) y una Policy definidos para la futura submission, cuando corresponda. Para más información sobre la creación y gestión del DAC y la Policy, consulta la documentación del Submitter Portal: Submitter Portal - EGA European Genome-phenome Archive
  • los datos que se desean enviar (no es necesario tener todos los datos preparados para poder comenzar la submission); 
  • los metadatos necesarios para la submission.
  • EGA Submission

Antes del taller, recomendamos realizar el Take the Tour – Create a Submission, que ofrece una introducción guiada a los principales pasos para crear una submission en EGA: EGA Submission

Taller #4 | Despliegue de Beacons e integración en la Beacon Network

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• Ponentes: Liina Nagirnaja y Oriol Lopez-Doriga
• Fecha: 21/10 de 10:30 a 13:00 h
• Duración: 2.5 h
• Formato: Online, la convocatoria con los detalles de conexión se enviará 1 semana antes de cada taller usando las direcciones de correo electrónico facilitadas en el formulario de inscripción.

En este taller se presentará el proceso completo para desplegar un Beacon e integrarlo en la Beacon Network.

El taller está dirigido a proyectos con datos genómicos y/o fenoclínicos que deseen facilitar su descubrimiento en el ámbito de IMPaCT mediante Beacon. En concreto, está orientado a perfiles informáticos, técnicos o bioinformáticos cuyo objetivo principal sea desplegar un Beacon e incorporarlo a la IMPaCT Beacon Network.

Se espera que las personas participantes ya estén familiarizadas con Beacon y tengan intención de iniciar su despliegue. Para ello, será necesario que las instituciones participantes se coordinen previamente con sus departamentos de informática.

Como primer paso, cualquier institución puede desplegar un Beacon utilizando datos sintéticos (los datos sintéticos se proporcionan en la documentación). Esta suele ser la opción recomendada antes de incorporar datos reales.

La incorporación de datos reales al Beacon probablemente requerirá la autorización del comité de ética, del delegado de protección de datos (DPO) o de otro órgano equivalente de la institución. Recomendamos iniciar estas gestiones lo antes posible. En caso de que una institución esté preparada para desplegar un Beacon con datos reales durante el taller, deberá comunicarlo con antelación para poder planificarlo adecuadamente.

El taller se organizará en dos partes:

• La primera parte ofrecerá una visión general y una demostración del proceso. Estará dirigida principalmente a las personas responsables del despliegue que todavía no hayan comenzado o que tengan una experiencia limitada con Beacon. Se abordará el ciclo completo: el despliegue del Beacon, la carga de datos, su incorporación a la red y, por último, la realización de consultas de prueba mediante la interfaz de usuario de la IMPaCT Beacon Network.
• La segunda parte tendrá un enfoque más práctico y estará dedicada a la resolución de problemas, las preguntas y respuestas y el apoyo a participantes con más experiencia en el despliegue.

El formato del taller, especialmente el de la segunda parte, podrá adaptarse en función del perfil de las personas inscritas y de su grado de preparación. Sería ideal contar con participantes que se encuentren en distintas fases del proceso, ya que esto permitiría abordar cada una de ellas durante la segunda mitad del taller.

Objetivos: Al final de la sesión, sabrás:

• Desplegar un Beacon (PI).
• Preparar/obtener los datos para Beacon (BFF).
• Añadir datos reales o sintéticos a un Beacon.
• Utilizar Beacon RI Tools
• Incorporar tu Beacon a la IMPaCT Beacon Network
• Utilizar la interfaz de usuario para realizar consultas de prueba.

Pre-requisitos:  Para poder seguir adecuadamente el taller, necesitarás seguir los siguientes pasos y/o instalar el siguiente software:

• Docker engine (versión >20.10.18); en un sistema operativo UNIX (Linux/macOS/…).
• Familiarízate con toda la documentación de Beacon.
• Para participar en la segunda parte práctica del taller, deberás, como mínimo, haber hablado con el departamento de informática de tu institución y haber desplegado un Beacon o, al menos, haber intentado hacerlo.

• Antes del taller, nos pondremos en contacto con todas las personas inscritas para conocer su nivel de preparación y ofrecer apoyo individual mediante sesiones de consulta (office hours).
• La incorporación de datos reales requerirá las autorizaciones éticas correspondientes, de acuerdo con la gobernanza de datos del proyecto. Recomendamos iniciar estas gestiones lo antes posible.

Taller #5 | Estandarización y normalización de datos clínicos en OMOP

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• Ponentes: Adrián García y Juan Ignacio Álvarez Arenas
• Fecha: 28/10 de 10:00 a 13:00 h
• Duración: 3 h
• Formato: Online, la convocatoria con los detalles de conexión se enviará 1 semana antes de cada taller usando las direcciones de correo electrónico facilitadas en el formulario de inscripción.

En este taller se presentará el procedimiento completo de transformación de datos clínicos al formato estándar OMOP.

El taller esta dirigido a todos aquellos proyectos dentro de los cuales es necesario emplear un formato de datos clínicos estándar que permita trabajar y analizar tales datos de forma federada. En concreto esta orientada a perfiles técnicos tanto del ámbito de la informática como del ámbito clínico, ya que ambos perfiles serán determinantes y necesarios a lo largo del proceso de estandarizan.

Durante el taller se mostrará como emplear las diferentes de herramientas open-source de OHDSI a lo largo del flujo de trabajo de una ETL. Se hará especial hincapié en el diseño lógico del tratamiento de los datos y en el proceso de mapeado de conceptos y codificaciones. Mientras que en lo relativo al proceso de desarrollo de software, este solamente se abordará desde un punto vista general, dando pautas y mostrando buenas practicas.

Al final del mismo también se mostrara una herramienta en desarrollo que trata de unificar todas las herramientas de OHDSI en un único software y que implementa inteligencia artificial para ayudar y acelerar todo el proceso de ETL.

Objetivo: Al final de la sesión:

• Diseñarás el flujo logico de transformacion de los datos a la estructura estandard de OMOP CDM (common data model)
• Mapearás los codigos de terminologias estandar y no estandar al vocabulario de OMOP

Pre-requisitos:  Para poder seguir adecuadamente el taller, necesitarás seguir los siguientes pasos y/o instalar el siguiente software:

• Instalar White Rabbit
• Instalar Rabbit in a Hat
• Instalar Usagi