IMPaCT-Data en el ELIXIR All Hands Meeting 2022


Una representación de socios del proyecto IMPaCT-Data tuvieron la oportunidad de informar sobre el proyecto y compartir los avances relativos al cloud biomédico en desarrollo durante el ELIXIR All Hands Meeting que tuvo lugar del 7 al 9 de junio en Amsterdam (Países Bajos).

ELIXIR es la infraestructura paneuropea de datos biológicos y organizó su octava reunión comunitaria anual con el objetivo de unir los nodos de ELIXIR para discutir, reflexionar y avanzar en objetivos compartidos. En esta ocasión miembros del grupo de coordinación de IMPaCT-Data en el Barcelona Supercomputing Center (BSC) presentaron trabajos relacionados con la globalidad del proyecto y específicamente relacionados con el cloud biomédico de IMPaCT-Data desarrolado por el programa de ciencia de datos de IMPaCT con el objetivo de proporcionar un entorno de análisis escalable y flexible, permitiendo la integración, gestión y análisis de datos de imágenes clínicas, genómicas y médicas disponibles en IMPaCT para personal clínico y de investigación con cualquier tipo de experiencia en tecnologías de la información.

IMPaCT-Data Cloud está diseñado como un sistema de nube federado, resultado de la interconexión de diferentes miembros del consorcio de IMPaCT. Los componentes de la infraestructura de este cloud biomédico incluyen un sistema de autenticación compatible con Life-Sciences-ID basado en Keycloak, una infraestructura para administrar datos públicos y en un futuro confidenciales (aprovechando tecnologías de tipo EGA) y un conjunto distribuido de recursos computacionales que ofrecen plataformas como Galaxy, entre otras. El cloud biomédico de IMPaCT esta siendo desarrollada para beneficiarse de servicios como bio.tools, BioContainers, WorkflowHub y OpenEBench los cuales permitirían una adecuada gestión y evaluación del software.

Comunicaciones presentadas en el ELIXIR All Hands Meeting 2022:

  • Alloza E, Rambla J, Beltrán S et al. The Spanish National Bioinformatics Institute (INB/ELIXIR-ES). F1000Research 2022, 11(ELIXIR):609 (poster) (https://doi.org/10.7490/f1000research.1118978.1)
  • Chavero-Díez M, Gonzalez A, Lopez L et al. IMPaCT-Data Biomedical Cloud: An initial iteration for a federated virtual computing environment in the context of precision medicine in Spain. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):602 (poster) (https://doi.org/10.7490/f1000research.1118971.1)

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