Nube IMPaCT-Data

El proyecto IMPaCT-Data tiene como objetivo el diseño de los componentes necesarios para poder poner en marcha una infraestructura federada en la nube que de soporte a la investigación en el ámbito de la salud.

Esta infraestructura se está diseñando para que pueda ofrecer un entorno de trabajo virtual en el que se puedan analizar datos públicos y de acceso controlado. La nube permitirá el análisis de datos genómicos, de historia clínica y de imagen médica, proporcionando los siguientes servicios:

  • acceso a datos públicos y de acceso controlado
  • análisis utilizando las herramientas que la plataforma proporciona
  • análisis utilizando los workflows que la plataforma proporciona

Demo (junio 2022)

Prueba de los componentes de autenticación y análisis incluyendo:

  • acceso a datos públicos
  • entorno virtual incluyendo un workflow para el anális a modo de prueba de concepto

En esta primera demostración, se muestra la funcionalidad de acceso de usuarios federado y ejecución de trabajos mediante el uso de recursos computacionales compartidos. En el vídeo se muestra la conexión de un usuario al nodo central de la infraestructura mediante las credenciales de uno de los nodos que forman parte, siendo posible así su autenticación y acceso a la plataforma Galaxy. Acto seguido, el usuario utiliza una herramienta con los datos que tiene en su nube personal. El vídeo muestra como la ejecución de esa herramienta se realiza de forma distribuida en varios de los nodos de computación de la nube federada de IMPaCT-Data gracias a la red Pulsar. Finalmente, el usuario visualiza y tiene a su disposición los resultados en formato HTML y en crudo, así como metadatos, parámetros de entrada y salida de cada una de las ejecuciones realizadas.

Versión acceso datos (diciembre 2022)

Prueba de los componentes que dan acceso a datos:

  • acceso a datos públicos y de acceso controlado (EGAs locales)
  • conjunto de herramientas y workflows de análisis de datos genómicos
  • conjunto de herramientas y workflows de análisis de história clínica
  • conjunto de herramientas y workflows de análisis de imagen

En esta demostración, la nube de computación para datos biomédicos dispone de un proceso para el acceso de usuarios, incluyendo la vinculación a cuentas institucionales, y el uso de pasaportes y visados para controlar el acceso a datos protegidos. En el vídeo se muestra como un usuario se conecta a una herremienta alojada en uno de los nodos que forma parte de la infraestructura federada. Inicialmente este usuario no tiene acceso a ningún conjunto de datos. Una vez que el administrador del nodo genera el visado correspondiente, el usuario tiene acceso al conjunto de datos que determina ese visado y a ningún otro. En el video también se muestra como un usuario diferente, al entrar en la misma herramienta tiene acceso a un conjunto de datos diferente. Esto es debido a que este segundo usuario dispone de permiso de acceso a otros datos.

Versión acceso datos integrados (junio 2023)

Versión para poder ser utilizada por los miembros del proyecto, a modo de evaluación de los componentes, incluyendo:

  • acceso a datos integrados
  • conjunto de herrientas y workflows para análisis integrados

Prueba de concepto (octubre 2023)

Al final de proyecto se habrán probado, desde el punto de vista técnico, los diferentes componentes incluidos en el diseño a modo de prueba de concepto. Proporcionando evidencias que soporten la viavilidad de la futura infraestructura.

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